Los efectos secundarios comunes del tamoxifeno son bochornos, sequedad en la vagina, secreción vaginal y pérdida de la libido.

Los efectos secundarios del tamoxifeno que son raros, pero potencialmente graves son la formación de un coágulo de sangre en los pulmones, lo cual es llamado embolia pulmonar, o coágulos de sangre en las venas grandes de las piernas, lo cual es llamado trombosis de vena profunda; pérdida ósea (en mujeres premenopáusicas), cáncer del útero, cataratas y embolia. Aunque es poco común, algunas mujeres pueden desarrollar cáncer uterino por tomar tamoxifeno. Por esta razón, es recomendable hacerse exámenes ginecológicos de rutina.